Der PepperShop bietet verschiedene Varianten der Kategoriendarstellung an:
Megamenü: Mit dem Megamenü sieht der Besucher / die Besucherin auf einen Klick das gesamte Untersortiment der angeklickten Hauptkategorie. Auch bei der Umsetzung moderner Designs, welche den Inhaltsteil möglichst nicht aufteilen möchten, ist diese Form der Navigation sehr hilfreich, da die Kategorienanzeige nur bei Bedarf, über dem Inhaltsbereich dargestellt wird.
Slidemenü: Anders als beim Megamenü werden nicht gleich alle Unterkategorien auf einmal sichtbar, sondern man kann von Stufe zu Stufe wechseln. Das Slidemenü ist Touch-fähig und kann auch mit Tablets oder mit Smartphones bedient werden. Ebenso wie beim Megamenü, profitiert man bei dieser Anzeigeform vom freien Inhaltsteil.
Baumdarstellung: Die Baumdarstellung hat Haupt- und Unterkategorien in beliebiger Anzahl Stufen und kann diese auch auf- und zuklappen. Mittels Kategorienüberschriften kann man eine Unterteilung des Sortiments vornehmen.
Der Vorteil dieser Darstellung liegt zum einen darin, dass Shopkunden sich diese Navigationsart gewohnt sind und sich somit im Shop schnell zurechtfinden.
Da vielstufige Sortimente von der Bedienung her viele Klicks erfordern, bietet der PepperShop die Möglichkeit der Kategorien übergreifenden Artikeldarstellung für deren Unterkategorien. Es lässt sich einstellen, dass der Shop beim Klick auf eine Hauptkategorie mit Unterkategorien direkt die erste Unterkategorie bis zur zweiten Stufe öffnet und danach eine Ansicht aller Artikel aller weiteren Unterkategorien darstellt.

Dropdownmenü: Die Darstellung mittels Dropdownmenü erlaubt ein nahezu unbeschränktes Sortiment im Shop abzubilden. Für jede Kategorienstufe wird ein eigenes Dropdownmenü eingeblendet. Diese Art der Anzeige wird nur noch selten verwendet, bei sehr tiefen Verschachtelungen, z.B. in B2B-Systemen und wird nicht mehr empfohlen.

Darstellung im Inhaltsteil: Im Kategorienmanagement lässt sich das Verhalten des Shops anpassen, dass alle Unterkategorien im Content Bereich erscheinen, bis die unterste Stufe erreicht wird. Dazu sollten Kategorienbilder verwendet werden.

Jede Kategorie kann mit einem Beschreibungstext ergänzt werden. Dieser wird vor allen Artikeln angezeigt und kann auch HTML und somit Bilder enthalten. Ob die Beschreibung auch angzeigt wird, kann im Kategorienmanagement eingestellt werden.
Der PepperShop hat zwei Spezialeinstellungen: Aktionen und Promotionsartikel. Wenn man einer erstellten Kategorie z.B. die Aktionen zuweist, so werden in dieser Kategorie alle Artikel gelistet, welche im Moment gerade als Aktionsangebot verkauft werden. Diese virtuelle Kategorie ist somit ‚Kategorienübergreifend‘ und immer vollautomatisch aktuell.
Mit Hilfe dieser Kategorien kann man der Kundschaft einfach alle Promotionsangebote oder alle Aktionen im ganzen Shop anzeigen lassen.
Kategorienüberschriften werden direkt über der Kategorie angezeigt, wo man sie definiert hat. Auf diese Weise entsteht der Eindruck einer weiteren Kategorienstufe. Wenn man z.B. einen Weinhandel hat, so könnte man als Kategorienüberschriften jeweils die Länder angeben um so eine weitere Kategorienstufe in der Baumansicht zu erhalten.
Für jede Kategorie kann man festlegen, ob diese sichtbar sein soll oder nicht. Dies wirkt sich auch auf die Artikel aus, da nun Kategorien und Artikel vom Kunden nicht mehr direkt angewählt werden können. Auch Direktlinks von Artikeln werden gesperrt.
Kategorien können mit statischen HTML-Seiten verbunden werden, die an Stelle der Artikel ausgegeben werden. Dies erlaubt eine freie Gestaltungsmöglichkeit.
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